疫苗雖經滅活或減毒處理，但畢竟是一種蛋白或具抗原性的其他物質，對人體仍有一定的刺激作用而引起的。其實這也是人體的一種自我保護就象感冒發熱一樣是機體在抵御細菌或病毒。

少數人在接種后出現并發癥，如暈厥、過敏性休克、變態反應性腦脊髓膜炎、過敏性皮炎、血管神經性水腫等。雖然異常反應出現機率很低，但其后果常較嚴重。若遇到異常反應時應及時搶救，注意收集材料，進行分析，并向上級衛生機構報告。

注射局部紅腫浸潤，根據縱橫平均直徑分為弱反應（<=2.5cm）、中反應(2.6-5.0cm)和強反應(>5.0cm)。凡發生局部淋巴管/淋巴結炎者均為局部重反應。大部分皮下接種的疫苗在注射后數小時至24小時或稍后，局部出現紅腫浸潤，并伴疼痛，紅腫范圍一般不大，僅有少數人其直徑>5.0cm。有的伴有局部淋巴腫大或淋巴結炎、疼痛。這種反應一般在24—48小時逐步消退。接種乙肝疫苗、百白破聯合疫苗、百破二聯疫苗等含有吸附劑疫苗，部分接種者會出現注射局部不易吸收，刺激結組織增生，形成硬結。

個別兒童接種百白破聯合疫苗、乙肝疫苗、百破二聯疫苗、流腦疫苗、等滅活疫苗后5—6小時或24小時左右體溫升高，一般持續1—2天，很少超過3天；個別受種者發熱可能提前，在接種疫苗后2—4小時即有體溫升高，6—12小時達高峰，持續1—2天。接種麻疹減毒活疫苗、麻風腮減毒活疫苗、甲肝減毒活疫苗、水痘等減毒活疫苗后出現發熱反應的時間稍晚，個別接種者在注射麻疹疫苗后6—10天內會出現中度發熱，有類似輕型麻疹樣癥狀。