百白破疫苗接種的一般反應，主要來自百日咳所含的菌體成分。接種未吸附疫苗12—24小時，局部可有紅腫、疼痛、發癢，個別人注射后注射側腋下淋巴結腫大；接種含有吸附劑的疫苗，注射局部可形成硬結或無菌性膿腫。

偶見皮疹及血管神經性水腫。全身反應主要是出現微熱，尤其是接種未吸附疫苗更為常見，但接種后48小時可恢復正常。在發熱的同時還可伴有倦怠、嗜睡、煩躁不安等短暫癥狀。

百白破疫苗接種后的異常反應，也主要與疫苗中的百日咳成分有關。極個別可能發生過敏反應，或驚厥、抽搐、尖聲哭叫等神經系統并發癥。但是，這類異常反應的發生率極低，并不影響免疫接種方針的推行。