如果是單發的腎囊腫是無需治療的，只要定期去檢查即可。而多發的腎囊腫治療在飲食上需要限制咖啡因類的食物的攝入，高血壓的患者要低鹽低脂飲食，水腫的患者要注意水分的攝入。如果出現腎功能異常，要低蛋白飲食。囊腫增大時，可避免劇烈活動和腹部受傷。除此之外要對癥治療，疼痛的患者以休息為主，可以適時止痛。如果有出血的情況，以觀察、臥床休息為主，出血嚴重時可以考慮手術。如果出現尿毒癥，需要進行透析治療。